文献のご紹介 Covaris Literature

Covaris(コバリス)活躍中!!

Covaris製品が活躍している事例をご紹介します。

①1細胞解析を用いた精神疾患の発症メカニズムの研究
Developmental excitation-inhibition imbalance underlying psychoses revealed by single-cell analyses of discordant twins-derived cerebral organoids

Sawada, T., Chater, T.E., Sasagawa, Y. et al.
Molecular Psychiatry volume 25, pages2695–2711 (2020)
https://doi.org/10.1038/s41380-020-0844-z

概要
詳細なメカニズムが不明である精神疾患・双極性疾患について、iPS細胞由来の脳オルガノイドの1細胞解析を行った論文です。
1細胞解析には理化学研究所 バイオインフォマティクス研究開発チームが開発したQuartz-Seq2を用いて行っており、この手法のプロトコル上でCovaris社のFocused-Ultrasonicatorが採用されています。
本論文中ではQuartz-Seq2により患者由来のオルガノイドではGABA作動性のニューロンの割合が多いことが明らかになりました。


Covaris活躍中!!
Quartz-Seq2は複数のシングルセルRNA解析手法を比較した国際的な比較研究(https://www.nature.com/articles/s41587-020-0469-4)の中で最高成績を収めた手法です。
Quartz-Seq2ではcDNAを目的のサイズに安定的に断片化する必要があります。その点をご評価いただきプロトコル中にCovarisを採用いただいております。M220をはじめ、様々なモデルをご使用いただけます。


<研究者の声>

笹川 洋平 先生
国立大学法人 東京医科歯科大学 難治疾患研究所
ゲノム応用医学部門 ゲノム機能情報分野 准教授
国立研究開発法人 理化学研究所 生命機能科学研究センター
バイオインフォマティクス研究開発チーム 客員研究員

Illuminaシーケンサーで解析する、多くのアプリケーションでのシーケンスライブラリ作製過程において、DNAの断片化が必要です。断片化の過不足は、データの品質に影響するため、安定した断片化が必要です。酵素による断片化は、簡便であるが、切断部位の配列の偏りがあり、また断片化サイズが不安定になることもある。一方でCovarisは、DNA量によらず、実施回によらない、安定したDNAの断片化結果が得られるので、結果の安定性を重視する我々にはありがたいです。我々は、特に1細胞RNA-seq法のQuartz-Seq2において、増幅したcDNAを断片化しライブラリ作製する過程でCovarisを使っております。

②コロナウイルス感染状況の網羅的解析
Molecular benchmarks of a SARS-CoV-2 epidemic

Jonsson, H., Magnusson, O.T., Melsted, P. et al.
Nature Communications volume 12, Article number: 3633 (2021)
https://doi.org/10.1038/s41467-021-23883-6

概要
ウイルス由来のRNA量及び変異導入率とコロナウイルスの感染状況の関係性を調査したアイスランドの研究にて、Covaris LE220plusが使用されています。この研究では、2000弱の検体のシーケンス解析を実施しています。
ライブラリ調製時に20 ~ 500 ngのウイルス由来のcDNAを断片化する工程にLE220plusを用いた物理的断片化が採用されています。


Covaris活躍中!!

Covarisの技術は今回のような異なる濃度のサンプルも同じ条件で処理できる点を多くの研究者より高い評価をいただいております。 また96 well ベースでの処理が可能なハイスループットモデル、LE220plusはこのような検体数の多い研究に最適です。非常に多くのサンプルでも、高効率かつ再現性の高い断片化を実施することができます。


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